MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rivularia sp. PCC 7116 plasmid pRIV7116.01

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019679	TAG	2	6	30	35	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019679	T	6	6	60	65	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019679	AATC	2	8	1274	1281	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_019679	CAT	2	6	1623	1628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_019679	TGC	2	6	1713	1718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_019679	TAA	2	6	1746	1751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019679	CAG	2	6	1809	1814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_019679	AGT	2	6	1928	1933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019679	ACT	2	6	1957	1962	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_019679	CCA	2	6	2545	2550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_019679	CA	3	6	2549	2554	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_019679	GGT	2	6	2613	2618	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019679	A	6	6	2659	2664	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019679	AAT	2	6	2676	2681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019679	AT	3	6	3125	3130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019679	TAC	2	6	3166	3171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_019679	A	8	8	3187	3194	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019679	TAC	2	6	3277	3282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_019679	T	6	6	3299	3304	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019679	AAT	2	6	3311	3316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019679	CTGCCT	2	12	4236	4247	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_019679	TGG	2	6	4253	4258	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019679	TGG	2	6	4266	4271	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019679	TAC	2	6	4282	4287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_019679	TGCC	2	8	4328	4335	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_019679	T	7	7	4356	4362	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019679	A	6	6	4412	4417	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019679	T	6	6	4418	4423	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019679	ATA	2	6	4441	4446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019679	TAT	2	6	4632	4637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019679	GGA	2	6	4670	4675	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019679	AGCGA	2	10	4691	4700	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_019679	CAT	2	6	4701	4706	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_019679	ATT	2	6	4798	4803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019679	A	6	6	4808	4813	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019679	T	6	6	4826	4831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019679	TAA	2	6	4897	4902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019679	GGA	2	6	4907	4912	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019679	TA	3	6	4946	4951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019679	G	6	6	4968	4973	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019679	GGA	2	6	5107	5112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019679	AC	3	6	5154	5159	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_019679	A	7	7	5167	5173	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019679	A	6	6	5208	5213	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019679	AT	3	6	5228	5233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019679	ATT	2	6	5266	5271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019679	AT	3	6	5274	5279	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019679	ATAA	2	8	5307	5314	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019679	TTTA	2	8	5373	5380	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019679	TCAT	2	8	5403	5410	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_019679	AT	3	6	5409	5414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019679	TAA	2	6	5416	5421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019679	TCAT	2	8	5449	5456	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_019679	AT	3	6	5455	5460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019679	T	6	6	5475	5480	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019679	T	7	7	5515	5521	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019679	TGT	2	6	5525	5530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019679	GT	3	6	5529	5534	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019679	TCC	2	6	5576	5581	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_019679	C	6	6	5715	5720	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
61	NC_019679	TA	3	6	5737	5742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019679	TCC	2	6	5776	5781	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_019679	ATT	2	6	5785	5790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019679	A	6	6	5857	5862	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019679	T	6	6	5875	5880	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019679	ATA	2	6	5886	5891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019679	ATG	2	6	5982	5987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019679	TCGCT	2	10	5988	5997	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_019679	CTC	2	6	6012	6017	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_019679	ATA	2	6	6051	6056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019679	T	8	8	7249	7256	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019679	TTG	2	6	7321	7326	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019679	GTA	2	6	7975	7980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019679	AGT	2	6	8008	8013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019679	TTA	2	6	8023	8028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019679	AT	3	6	8066	8071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019679	ATT	3	9	8109	8117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019679	TAAT	2	8	8141	8148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019679	T	6	6	8169	8174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019679	TAA	2	6	8181	8186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019679	GTT	2	6	8211	8216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019679	TAAA	2	8	8236	8243	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019679	TATT	2	8	8459	8466	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019679	GAG	2	6	8521	8526	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019679	AAT	2	6	8552	8557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019679	TTG	2	6	12314	12319	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019679	CTC	2	6	12332	12337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_019679	GTT	2	6	12338	12343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019679	GGAG	2	8	12368	12375	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019679	GTT	2	6	13121	13126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019679	GACT	2	8	13132	13139	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_019679	AG	3	6	13201	13206	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019679	AAC	2	6	13459	13464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_019679	T	6	6	13525	13530	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019679	A	6	6	13536	13541	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019679	A	6	6	13570	13575	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019679	T	6	6	13615	13620	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019679	TGT	2	6	13631	13636	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019679	AGTA	2	8	13758	13765	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019679	CAC	2	6	13778	13783	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_019679	ACT	2	6	13813	13818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_019679	AT	3	6	13832	13837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019679	TAC	2	6	13846	13851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_019679	AT	3	6	13900	13905	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019679	AGA	2	6	13912	13917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019679	TTG	2	6	14317	14322	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019679	CCCT	2	8	19643	19650	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
108	NC_019679	TGTT	2	8	20150	20157	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019679	A	7	7	20201	20207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019679	CTT	2	6	20444	20449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_019679	GTA	2	6	21039	21044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019679	GAA	2	6	21062	21067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019679	TACA	2	8	21168	21175	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_019679	A	6	6	21175	21180	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019679	AC	3	6	21249	21254	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_019679	TATC	2	8	21293	21300	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_019679	TAC	2	6	21332	21337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019679	TGT	2	6	21349	21354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019679	T	6	6	21480	21485	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019679	T	6	6	21490	21495	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019679	CA	3	6	21544	21549	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_019679	TAA	2	6	21878	21883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019679	AT	3	6	21978	21983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019679	AAAATA	2	12	22091	22102	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019679	GTC	2	6	22136	22141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_019679	TA	3	6	22689	22694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019679	A	6	6	22694	22699	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019679	AG	3	6	22707	22712	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019679	AAT	2	6	22723	22728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019679	AAT	2	6	22751	22756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019679	A	6	6	24012	24017	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019679	AAAT	2	8	24106	24113	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019679	TATT	2	8	24203	24210	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019679	AAT	2	6	24317	24322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019679	TAG	2	6	24395	24400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019679	GTT	2	6	24444	24449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019679	AAT	2	6	24454	24459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.